Nel 1994, circa 800.000 tutsi e hutu moderati in Ruanda furono uccisi dalle milizie violente entro tre mesi. I massacri iniziarono dopo che l’aereo del presidente ruandese Juvénal Habyarimana fu abbattuto dagli hutu il 6 aprile 1994. Tutti i passeggeri morirono.
Bagosora ricoprì in quel momento una posizione importante nel Ministero della Difesa. È fuggito dopo il genocidio. Nel 1996 è stato arrestato nel paese africano del Camerun. Ha dovuto comparire davanti al tribunale ruandese, dove i pubblici ministeri lo hanno descritto come il capo della milizia omicida. Romeo Dallaire, il comandante della missione delle Nazioni Unite in Ruanda, ha definito Bagosora l'”architetto” del genocidio.
Bagosora è stato condannato per genocidio, crimini contro l’umanità e crimini di guerra. Fu anche condannato per il suo ruolo nell’orchestrare l’assassinio di diverse figure politiche, tra cui l’allora primo ministro Agathe Olingyimana.
Ricevuto l’ergastolo. Questo è stato poi ridotto a 35 anni. Bagosora stava scontando la sua pena detentiva a Bamako, capitale della nazione africana del Mali. Morì in ospedale, dove era stato ricoverato per problemi cardiaci, all’età di 80 anni.